PhD candidate ‘AI-based pan-cancer prediction of 'omics biomarkers from histopathology’

Job description
Molecular alterations, such as Microsatellite Instability (MSI), Homologous Recombination Deficiency (HRD), and specific gene mutations, play a critical role in modern oncology. They are essential 'omics biomarkers for selecting patients for targeted therapies and immunotherapies. Currently, determining the presence of these biomarkers requires expensive, tissue-consuming, and time-intensive molecular testing, such as next-generation sequencing. However, these underlying genomic alterations often manifest as distinct morphological patterns within the tumor and its microenvironment.

In this project, you will harness the power of artificial intelligence to predict these crucial 'omics biomarkers directly from routinely available hematoxylin and eosin (H&E)-stained histopathology slides. Because biomarkers like MSI have therapeutic relevance across many solid tumor types, your research will take a pan-cancer approach. You will leverage state-of-the-art pathology foundation models and weakly-supervised learning techniques to extract robust representations from gigapixel whole-slide images, learning directly from clinical ground-truth labels without the need for exhaustive manual annotations.

Furthermore, clinical adoption of AI requires transparency. A major focus of your project will be developing and evaluating explainability methods. By "opening the black box," you will help pathologists and oncologists understand the morphological features driving the AI’s predictions, building clinical trust and potentially discovering novel visual correlates of underlying genomic alterations.

Tasks and responsibilities

• Develop and optimize weakly-supervised deep learning algorithms and adapt pathology foundation models to predict 'omics biomarkers (e.g., MSI) across diverse cancer types.
• Investigate and pioneer explainability techniques to make complex neural network predictions transparent and interpretable for clinical end-users.
• Process and analyze massive, multi-centric datasets of oncological whole-slide images with matched molecular ground-truth data.
• Collaborate closely with pathologists, oncologists, and (inter)national machine learning researchers to validate the clinical and biological relevance of your developed algorithms.
• Have fun interactions with colleagues, present at local and (inter)national conferences, publish in high-impact technical and medical journals, and develop yourself as an independent researcher.

ANIOS Longziekten

Functie
Wij zijn op zoek naar ANIOS per 1 juni 2026. Heb jij interesse om te werken in een inspirerende academische omgeving? Bij ons krijg je de unieke mogelijkheid om onder supervisie alle aspecten van de longziekten in een diverse setting te ontdekken en jezelf volledig te ontwikkelen.

Als arts op onze afdeling Longziekten speel je een actieve rol in de klinische patiëntenzorg. Je werkt nauw samen met ervaren professionals en krijgt volop de kans om ons specialisme en onze speerpunten zoals longoncologie, astma/COPD en tuberculose te verkennen. Daarnaast ben je betrokken bij de acute zorg voor interne specialismen en bij het opvangen van patiënten op de Spoedeisende Hulp. Dit doe je altijd onder begeleiding van beschouwende specialisten en/of SEH-artsen.

In deze functie krijg je ruimschoots de tijd om aandacht te besteden aan je patiënten. De ziektebeelden zijn vaak complex, waardoor je veel uitdaging en variatie zult ervaren. Ook al ben je in deze functie niet in opleiding tot specialist, je neemt wel deel aan het onderwijs voor artsen die al in opleiding zijn.

Als je een tijd bij ons hebt gewerkt en het vak van longarts je aanspreekt, is het mogelijk om te solliciteren naar een opleidingsplaats in onze regio. Werkervaring bij ons is bovendien waardevol als je overweegt om huisarts te worden of interesse hebt in een ander specialisme, zoals interne geneeskunde, cardiologie, geriatrie, intensive care of spoedeisende hulp.

Quality Assurance officer | Qualified person (in opleiding)

Functie
Wat ga je doen?
Als QA officer | QP bij Radboud Translational Medicine B.V. draag je zorg voor het waarborgen van de kwaliteit van onze geneesmiddelenproductie. In deze functie werk je nauw samen met collega’s binnen en buiten QA om het kwaliteitsbeleid van onze organisatie verder te ontwikkelen en implementeren. Je hebt niet alleen oog voor de details, maar weet ook het grote geheel in de gaten te houden.

Werkzaamheden:

• Zorgdragen voor en continu verbeteren van belangrijke kwaliteitssystemen, zoals documentbeheer (QMS).
• Zorgdragen voor een goede kwaliteitscultuur (GMP).
• Verantwoordelijk voor de uitvoering, naleving en opvolging van (interne) audits en leverancierskwalificaties.
• Begeleiden van inspecties door externe instanties (bijvoorbeeld IGJ).
• Aanpassen en verbeteren van documenten, processen, systemen en procedures.
• Controleren of het managementsysteem, procedures en voorschriften worden nageleefd.
• Vastleggen en beoordelen van deviaties, CAPA’s, klachten et cetera.
• Schrijven van rapportages (bijvoorbeeld betreffend Environmental Monitoring of Product Quality Review).
• Adviseren bij diverse onderzoeks-, ontwikkelings- en verbeterprojecten.
• Voorstellen doen voor procesverbetering en productoptimalisatie.
• Vrijgifte van het product in overeenstemming met het productdossier en conform GMP-vereisten.
• Uitvoeren van QP-diensten (vanaf circa 06:30 uur) en beschikbaar zijn bij eventuele problemen/calamiteiten.

AI Engineer - Genome Diagnostics

Job description
The Genome Diagnostics section of the Department of Genetics at Radboudumc aims to remain at the forefront of genetic patient diagnostics, with a particular focus on rare diseases. To achieve this, we apply the latest techniques in the field of genetics. We use cutting-edge technologies to study DNA: from advanced sequencing methods to smart algorithms for detecting genetic variants and software that supports their interpretation. Artificial intelligence is increasingly playing a role in analyzing and interpreting genetic information. As an AI engineer, you will play an important role in this.

Our processes are highly automated, both in the wet lab (e.g., controlling pipetting robots) and in the analysis of large volumes of data (bioinformatics) and interpretation of results. Each year, we process several petabytes of DNA data, enabling thousands of patients to receive a genetic diagnosis. We achieve this using the latest genetic technologies and largely self-developed and implemented data analysis workflows.

Tasks and responsibilities

• Develop, optimize, and responsibly implement AI applications in genetic diagnostics workflows
• Identify where AI can add value in the workflow
• Stay up to date with the latest AI developments, specifically in human genetics
• Act as a point of contact within the section for AI applications and implementation questions
• Contribute to expertise development within the bioinformatics and automation team

Check out this news article about new ways to read DNA to get an idea of what we are working on, among other things: bnr.nl/nieuws/tech-innovatie/10587676/nieuwe-dna-test-radboudumc-detecteert-honderden-extra-zeldzame-ziektes

What makes this job special?

You will work in an environment where laboratory processes, patient care, complex algorithms, and massive datasets come together. This requires not only technical expertise but also an understanding of underlying processes and the architecture in which solutions are developed.

CIO | Directeur Informatie Management

...