PhD candidate: Reading Ecosystems from Space

What you will be doing
Ecosystems around the globe are under pressure from anthropogenic activities, such as the continued deposition of nitrogen, resulting in the loss of biodiversity and functionality. Quantifying biodiversity and ecosystem functionality in response to global changes and restoration efforts at large spatial and temporal scales is essential to understand where action is needed and to monitor restoration success. Developments in remote sensing and current and upcoming hyperspectral missions offer a timely opportunity to advance large-scale monitoring and diagnosing of ecosystem processes. In the recently funded NWO project ‘ASCENT’, a consortium of scientists will combine technological, methodological and ecological knowledge to take a next step in using remote sensing techniques for ecological monitoring of ecosystems across scales using hyperspectral earth observation data.

Within the ASCENT project, you will work as a PhD candidate in an interdisciplinary consortium with remote sensers, ecologists, data scientists, and modellers. You will be responsible for quantifying responses of a set of Essential Biodiversity Variables, including plant traits and ecosystem functions, to nitrogen deposition in long-term field experiments in grasslands (NutNet) and along landscape gradients in forests (Veluwe), as well as in response to landscape-scale manipulation of forest structural heterogeneity along a nitrogen deposition gradient (Beta-For experiment in Germany). You will link your trait and functional measurements to airborne- or satellite-collected (hyper)spectral data to understand how and which hyperspectral Earth Observation (EO) data can be used to assess different facets of ecosystem functioning in grasslands and forests. Within the project, you will collaborate closely with other PhDs and postdocs to collect field data, link ecological and EO data, and integrate your findings into models to predict ecosystem functioning in response to global changes and management interventions. You will learn how to publish your findings in a PhD thesis and peer-reviewed articles and give presentations at consortium meetings and (international) conferences.

Controller

Bij het NIOO draait alles om onderzoek naar ecologisch onderzoek en een leefbare wereld. Als Controller zorg jij dat de financiële motor daaronder soepel draait: van begroting tot budgetverantwoording, van analyse tot advies. Je krijgt een centrale rol in een team van zes. Ben jij een scherpe Finance professional die graag verder kijkt dan cijfers alleen? Als Controller krijg je bij ons de ruimte om financiële inzichten te vertalen naar slimme beslissingen en écht impact te maken binnen het NIOO-KNAW.

Wat ga je doen
In deze rol vervul je een centrale en verbindende functie binnen de financiële afdeling. Met je vakinhoudelijke deskundigheid en collegiale insteek zorg je ervoor dat de financiële processen van het NIOO efficiënt, betrouwbaar en tijdig verlopen. Je werkt nauw samen met collega’s en hoofd Finance, waarbij je zelfstandig bijdraagt en advies en informatie levert op het gebied van financiële sturing en beleid, kwaliteit en voortgang planning & control binnen de reguliere administratie en de projectadministratie.

Je kernverantwoordelijkheden zijn:

• Je zorgt ervoor dat de gegevens voor maandrapportages, begrotingen, jaarrekeningen en budgetten juist zijn en tijdig worden aangeleverd en je informeert betrokkenen hierover;
• Jij bent eigenaar van de maand-, kwartaal- en jaarafsluitingen, P&C-cyclus en zorgt dat rapportages en onderbouwde informatie juist en volledig zijn en op tijd klaarstaan. Je signaleert afwijkingen tussen realisatie en planning en adviseert over mogelijke bijsturing;
• Je bewaakt de kwaliteit van de financiële en projectadministratie, zodat het management kan vertrouwen op de cijfers;
• Je signaleert proactief knelpunten en mogelijkheden voor verbeteringen binnen de financiële processen en draagt actief bij aan de digitalisering of optimalisering hiervan, inclusief inzet van AI;
• Je adviseert het hoofd Finance over de financiële en beleidsmatige consequenties van strategische keuzes, financiële risico’s en de status van budgetten en financiële indicatoren.

Je bewaakt samen met het hoofd Finance de kwaliteit en tijdigheid van de werkzaamheden en signaleert knelpunten proactief, waarbij je oplossingen aandraagt. Daarnaast fungeer je als achtervang voor het hoofd Finance en zorgt voor continuïteit bij afwezigheid. Je biedt inhoudelijke ondersteuning aan het team Financien.

Onderzoeksmedewerker XML-TEI

Wat ga je doen?

De onderzoeksgroep Digitale Edities van het Huygens Instituut in Amsterdam maakt digitale edities van Nederlands historisch en cultureel erfgoed op een duurzame, verbonden, verrijkte en algemeen inzetbare manier door middel van een uitgewerkt datamodel in XML TEI (Text Encoding Initiative). In deze rol werk je nauw samen met onderzoekers van Huygens Instituut, software engineers, data stewards en partnerinstellingen. Het is je taak om een duurzame, generieke editie-architectuur in XML-TEI verder te ontwikkelen. Je zult onderzoekers ondersteunen bij het maken van digitale edities, soms één-op-één, soms in groepsverband. Je vervaardigt, documenteert en onderhoudt TEI schema’s. Je schrijft scripts voor het aanmaken en manipuleren van XML bestanden. Je draagt bij aan de verdere ontwikkeling van onze werkwijzen, standaarden en digitale edities.

De baan start idealiter op 1 november 2026 en biedt een aanstelling van 0,6-0,8 fte (22,8 uur - 30,4 uur). De aanstelling is voor één jaar (met een proeftijd van 3 maanden), en kan bij wederzijdse tevredenheid na 12 maanden omgezet worden in een vaste aanstelling. Bij indiensttreding voor 30,4 uur start je in periodiek 0 van schaal 10.

PhD student cerebellar morphology

About the project
The human cerebellum is an intricately shaped brain region, implicated in a wide range of functions. The cerebellar cortex, a thin layer of grey matter, is very tightly folded, resulting in a highly convoluted architecture. Its visualisation requires detailed imaging, beyond what is currently possible in humans in vivo. In an NWO-funded Vici project, we leverage Ultra-High Field MRI to bring the cerebellar mesoscale into view.

In this PhD project, we will measure the human mesoscale cerebellar morphology in postmortem brain tissue to provide a ground truth for the independent in-vivo experiments. This project will give you the chance to work with a wide range of neuroscience techniques, including data analysis, tissue staining, and postmortem MRI.

What do we offer?
You will be joining a highly collaborative research environment in the Ultra-High Field Neuroimaging group of the Netherlands Institute for Neuroscience and the Spinoza Centre for Neuroimaging. This research environment combines state-of-of the art neuroscience expertise and facilities, including 7T MRI and the Netherlands Brain Bank. You will work in a diverse, interdisciplinary community of cognitive and clinical neuroscientists and neuroimaging experts.

It concerns a position for 1.0 fte (38 h/week). You will have ample opportunities for further development of knowledge and technical and personal skills through courses at the Academy and (inter)national conferences.

PhD position: Exposing the contribution of epialleles to heritable variation in plants

To face climate change and other environmental challenges, the capacity for rapid adaptation is crucial for both natural plant populations and crops. Heritable trait variation fuels such adaptation. While heritable trait variation in plants can arise from genetic and epigenetic sources alike, the true contribution of epigenetics to plant adaptation remains uncertain. The primary challenge lies in distinguishing between genetic and epigenetic effects and establishing a causal relationship between DNA methylation variants and gene expression.

In a collaborative project between the Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW) and Utrecht University (UU), we will tackle these challenges by using an apomictic dandelion lineage as a unique model system. Because apomictic plants reproduce through clonal seeds, they allow us to disentangle genetic from epigenetic effects with unprecedented clarity. The project combines high-resolution analysis of genetic, epigenetic and gene expression variation between apomictic plants, which exposes putative natural epialleles (this PhD project at NIOO-KNAW), with genomic and epigenomic editing that identifies genes regulated by DNA methylation and tests the causal effects of candidate epialleles on gene expression (PhD project at UU).

What you will be doing
In this PhD project at NIOO-KNAW you will study a panel of different accessions from a single, geographically widespread dandelion lineage, to (1) identify heritable differences in gene expression between accessions, (2) screen genomic evidence for the involvement of DNA methylation in observed gene expression differences, and (3) explore the role of environmental effects in the origin of putative epialleles. You will:

• Oversee DNA sequencing approaches for targeted analysis of DNA methylation, SNP and structural variation between accessions, including long read sequencing methods
• Perform differential gene expression analyses
• Perform bioinformatic and statistical analyses to identify and interpret gene-level genetic and DNA methylation variation between accessions
• Assist in greenhouse work as required for phenotypic analyses in the project
• Coordinate interaction with collaborating research groups and supervise BSc and MSc students
• Write and publish your research in leading scientific journals and communicate your findings through your PhD thesis, presentations at (inter)national conferences and via broader outreach.