PhD position: Exposing the contribution of epialleles to heritable variation in plants

To face climate change and other environmental challenges, the capacity for rapid adaptation is crucial for both natural plant populations and crops. Heritable trait variation fuels such adaptation. While heritable trait variation in plants can arise from genetic and epigenetic sources alike, the true contribution of epigenetics to plant adaptation remains uncertain. The primary challenge lies in distinguishing between genetic and epigenetic effects and establishing a causal relationship between DNA methylation variants and gene expression.

In a collaborative project between the Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW) and Utrecht University (UU), we will tackle these challenges by using an apomictic dandelion lineage as a unique model system. Because apomictic plants reproduce through clonal seeds, they allow us to disentangle genetic from epigenetic effects with unprecedented clarity. The project combines high-resolution analysis of genetic, epigenetic and gene expression variation between apomictic plants, which exposes putative natural epialleles (this PhD project at NIOO-KNAW), with genomic and epigenomic editing that identifies genes regulated by DNA methylation and tests the causal effects of candidate epialleles on gene expression (PhD project at UU).

What you will be doing
In this PhD project at NIOO-KNAW you will study a panel of different accessions from a single, geographically widespread dandelion lineage, to (1) identify heritable differences in gene expression between accessions, (2) screen genomic evidence for the involvement of DNA methylation in observed gene expression differences, and (3) explore the role of environmental effects in the origin of putative epialleles. You will:

• Oversee DNA sequencing approaches for targeted analysis of DNA methylation, SNP and structural variation between accessions, including long read sequencing methods
• Perform differential gene expression analyses
• Perform bioinformatic and statistical analyses to identify and interpret gene-level genetic and DNA methylation variation between accessions
• Assist in greenhouse work as required for phenotypic analyses in the project
• Coordinate interaction with collaborating research groups and supervise BSc and MSc students
• Write and publish your research in leading scientific journals and communicate your findings through your PhD thesis, presentations at (inter)national conferences and via broader outreach.

(Junior) HR adviseur - NIOO-KNAW - Wageningen

Als HR-adviseur ben jij de sparringpartner en procesbegeleider voor leidinggevenden en medewerkers bij uiteenlopende HR-vraagstukken. Je adviseert over de volle breedte van het HR-vak: van werving en selectie, vitaliteit en duurzame inzetbaarheid tot verzuim en uitstroom. Je houdt overzicht over de HR-processen, signaleert kansen voor verbetering en vertaalt deze naar concrete acties. Daarnaast lever je een actieve bijdrage aan organisatie brede HR-projecten.

Jouw werkzaamheden omvatten onder andere:

• Coördineren van werving en selectie waarbij je ook regelmatig sollicitatie- en arbeidsvoorwaardengesprekken voert;
• Informeren en adviseren van leidinggevenden en medewerkers over regelingen, rechtspositie en arbeidsvoorwaarden en de toepassing daarvan;
• Bewaken en ondersteunen van acties in het kader van Wet Verbetering Poortwachter en begeleiden van leidinggevenden bij ziekteverzuim binnen hun team;
• Aanvragen van verblijfsvergunningen en de 30% regeling voor internationale collega’s;
• Administreren van het instroom-, doorstroom- en uitstroomproces. Wij vinden het belangrijk dat dat juist en volledig gebeurt en dat wij voldoen aan interne en externe regelgeving.

Wij maken gebruik van elkaars talenten en vaardigheden. Je draagt bij aan het verder ontwikkelen van een specifiek HR gerelateerd onderwerp waar jij veel ervaring in hebt of je in wilt ontwikkelen. Kortom, een zeer diverse functie waarin je verantwoordelijk bent voor het hele HR-proces!

Onderzoeksmedewerker MRI / assistent-manager

Dit ga je doen

Je bent een centraal aanspreekpunt voor onderzoekers, clinici en de bredere Spinoza community. Samen met de andere stafleden houd je de dagelijkse operatie rond de scanners en onderzoeksprojecten op koers: je coördineert de gang van zaken rond onze 3T- en 7T-scanners, pakt praktische vragen en verstoringen op, en traint onderzoekers en onderzoeksassistenten in veilig en verantwoord scannen.

Je begeleidt nieuwe en lopende onderzoeksprojecten en denkt mee over scanprotocollen, experimentele opzet, dataverzameling en datakwaliteit. Daarnaast ondersteun je het beheer van stimulusopstellingen, apparatuur, bestellingen, administratie en facilitaire zaken. Waar passend werk je mee aan patiëntgebonden onderzoek en aan de ondersteuning bij klinische scans, samen met Radiologie, Neurologie, Neurochirurgie en Psychiatrie van Amsterdam UMC.

De functie is bewust breed. Een belangrijk deel van het werk is praktisch en organisatorisch; daarnaast is er ruimte om je rol verder vorm te geven. Afhankelijk van jouw achtergrond en ambities zijn er mogelijkheden om je te verdiepen in scanprotocollen en onderzoek, of juist in werkinstructies, veiligheidsprocedures, trainingen en scannerplanning.

Data steward NODE

Bij het NIOO maken we onze datamanagement en infrastructuur klaar voor de toekomst binnen het project NODE. NODE (NIOO Open Data for Ecology) is een meerjarig veranderprogramma waarmee we de datamanagement-infrastructuur, het beleid, de datasets en de instituutscultuur op het gebied van data en metadata strak op orde brengen. Daarbij hoort onder andere goede classificatie, curatie en een beleid rondom onderzoeksdata. We zorgen ervoor dat onderzoekers hun data nog beter kunnen beheren, beter beschrijven en daardoor nog vaker kunnen (her)gebruiken. Als deze omslag slaagt, krijgen we niet alleen beter beheerde data, maar ook veel méér data: meer hergebruik, meer samenwerking, en meer wetenschappelijke opbrengst uit werk dat al gedaan is.

Als data steward ben je voor onderzoekers een herkenbaar gezicht van datamanagement bij het NIOO. Je zorgt ervoor dat onderzoekers weten waar ze je kunnen vinden en je benadert onderzoekers actief door jezelf bekend te maken bij (nieuwe) medewerkers en bij NODE-overleggen aan te sluiten.

Je draagt vanuit de dagelijkse praktijk bij aan het maken van vastgestelde NIOO-procedures, handleidingen en templates, en helpt onderzoekers op die manier te werken.

Een belangrijk deel van je tijd besteed je aan onderzoekers individueel: je ondersteunt hen bijvoorbeeld bij het opstellen van datamanagementplannen, het opschonen van een dataset, of loopt samen stap voor stap een metadata-record door. Voor publicatie controleer je de kwaliteit van datasets in de juiste repositories (zoals DataverseNL, ENA, en domein-specifieke repositories waar het NIOO mee werkt): kloppen de metadata, voldoet de structuur, is de documentatie compleet, en sluit alles aan op het oorspronkelijke DMP?

Daarnaast verzorg je trainingen en uitleg, bij introducties van nieuwe medewerkers, in afdelingsoverleggen of in werkgroepen. Door jouw inzet draag je bij aan een nog efficiënter datagebruik wat ons onderzoek ten goede komt. De werkzaamheden vallen binnen het project NODE en ook in dat verband werk je samen met de andere betrokkenen.

PhD position: Integrating trait diversity into ecosystem models

What you will be doing

We are recruiting a talented, enthusiastic, and collaborative PhD candidate to investigate how phytoplankton trait diversity affects ecosystem processes. Specifically, the PhD candidate will integrate diversity of phytoplankton resource acquisition traits into the mechanistic ecosystem model PCLake and assess consequences for ecosystem structure and functioning.

General project description
This PhD position is part of the SNF-Lead Agency funded BILMo (Biodiversity Inspired Lake Modelling) project, which aims to upgrade different mechanistic lake models to 1) predict diversity and community composition responses to combined gradients of warming and changes in resource availability (light, nitrogen and phosphorus), and 2) improve predictions of ecosystem processes by including the impacts of phytoplankton diversity and composition.

The project focuses on five interlinked objectives related to the above-mentioned aims. The research spans field observations, laboratory experiments and mechanistic models. The project team consists of two PhD candidates and three Postdoc positions hired on the BILMo project and involved researchers including Dr. Anita Narwani (EAWAG; coordinator), Dr. Keisuke Inomura (University of Rhode Island), Prof. Damien Bouffard (EAWAG), Prof. Dedmer van de Waal (NIOO-KNAW) and Dr. Mandy Velthuis (Wageningen University).