PhD position - Biochemical characterisation of signal integration in plants

Join us in unlocking the secrets of plant signal integration!
Plants must cope with a wide diversity of stresses such as drought, soil salinity and pathogen attack. Their survival hinges on the continuously perception, integration and interpretation of an immense number of signals from the environment and generating the appropriate responses. Millions of years of evolution have allowed plants to adapt to almost every climate and has made them to masters of perceiving and responding to countless signals. These signals usually occur simultaneously, yet plant cells must rapidly turn this complex input into coordinated responses. Although much is known about responses to individual signals, the molecular mechanisms by which plants use dedicated proteins to integrate multiple co-occurring signals remain largely unexplored.

We are seeking a motivated PhD candidate for the second PhD position in an NWO VIDI-funded project led by Dr. André Kuhn. This position focuses on elucidating the biochemical and cell-biological basis of a signal integration via B4-RAF kinase signalling complexes. You will join an ambitious, collaborative and international team in the Plant Cell Biology group within the Green Life Sciences cluster at the Swammerdam Institute for Life Sciences from the University of Amsterdam.

This is what you will do
The overarching project investigates how plant cells rapidly integrate co-occurring osmotic, salinity and pathogen-derived signals. Your PhD project will examine B4-RAF protein kinases as intracellular signal integrators. These kinases are activated rapidly by diverse environmental stimuli and occur in distinct subcellular puncta, suggesting that they assemble into signalling complexes (signalosomes) that coordinate early cellular responses.

You will (1) identify and validate the components of B4-RAF signalling complexes in Arabidopsis thaliana, (2) establish how these complexes assemble and localize under distinct environmental conditions, and (3) determine how these complexes contribute to stress resilience. The work combines plant molecular biology, protein biochemistry, functional proteomics, quantitative live-cell imaging and genetics.

Core research activities include:

• identify candidate B4-RAF signalosome components through immunoprecipitation coupled to tandem mass spectrometry (IP–MS/MS), building on existing proximity-labelling datasets;
• validate protein interactions and co-localisation using approaches such as FRET-FLIM, co-immunoprecipitation and live-cell confocal imaging;
• generate and characterise Arabidopsis loss-of-function and fluorescent reporter lines;
• use microfluidics-coupled live-cell imaging to investigate the spatiotemporal dynamics, environmental conditionality and subcellular localisation of B4-RAF signalling complexes;
• integrate proteomics, imaging and genetic datasets to develop mechanistic models of rapid plant signal integration.

Tasks and responsibilities:

• complete a PhD thesis within the official appointment duration (four years);
• systematically and independently design, perform, analyse and document experiments;
• be an active and responsible member of the research group
• collaborate closely with other group members (incl. PhD candidate, technicians and postdoc);
• discuss work with group members and at departmental meetings, and incorporate feedback;
• take a leading role in writing manuscripts for publication in peer-reviewed journals;
• participate in the PhD training programme of the University of Amsterdam and the national graduate school Experimental Plant Sciences (EPS);
• assist with teaching and supervision of Bachelor’s and Master’s students.

You will have the opportunity to:

• work at the interface of plant genetics, biochemistry, functional proteomics and quantitative imaging;
• present results at national and international scientific conferences;
• expand academic, professional and personal skills;
• contribute to science communication and outreach activities;
• thrive in a team that values impactful research and mutual support;
• combine the advantages that a collaborative project offers, including access to state-of-the-art research facilities at the Swammerdam Institute and the University of Amsterdam.

Your Profile
You are passionate about science and have a particular interest in biochemistry and cell biology. You are eager to understanding complex environmental signalling mechanisms in plants at the molecular level and have a strong interest in protein signalling mechanisms, especially kinase regulation, protein complexes or phosphorylation-dependent signalling. You enjoy combining experimental biochemistry with molecular genetics and quantitative microscopy. You are methodical, curious and able to take initiative, while also valuing close collaboration in an interdisciplinary and international research environment.

Your experience:

• an MSc degree in molecular biology, biochemistry, or a closely related discipline.
• demonstrated hands-on laboratory experience in at least two of the following areas: protein biochemistry, (plant) molecular biology, confocal microscopy, proteomics and protein-protein interaction assays;
• ability to plan experiments carefully, maintain high-quality laboratory records, analyse results critically and troubleshoot experimental work;
• fluent in English, both written and spoken;
• ability to work independently as well as constructively in an international team.

Experience with CRISPR/Cas9 genome editing in plants or analysis of proteomics and/or imaging data (e.g. using Python or R) is a plus.

This is what we offer you
A temporary contract for 38 hours per week for the duration of 4 years (the initial contract will be for a period of 18 months and after satisfactory evaluation it will be extended for a total duration of 4 years). The preferred starting date is not later than February 1st, 2026. This should lead to a dissertation (PhD thesis). We will draft an educational plan that includes attendance of courses and (international) meetings. We also expect you to assist in teaching undergraduates and master students.

Your salary will range between €3,204 in the first year to €4,051 gross per month in the last year of employment, based on a fulltime employment (38 hours per week). This sum does not include the 8% holiday pay and the 8.3% end-of-year bonus. A favorable tax agreement, the 30% ruling, may apply to non-Dutch applicants. The Collective Labour Agreement for Dutch Universities (CAO NU) is applicable.

Besides the salary and a vibrant and challenging environment at Amsterdam Science Park we offer you multiple fringe benefits:

• 232 holiday hours per year (based on fulltime);
• multiple courses to follow from our Teaching and Learning Centre;
• a complete educational program for PhD students;
• a pension at ABP for which UvA pays two third part of the contribution;
• the possibility to follow courses to learn Dutch;
• help with housing for a studio or small apartment when you’re moving from abroad.

Are you curious to read more about our extensive package of secondary employment benefits, take a look here.

You will work in this team
The Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS) is located at the vibrant Amsterdam Science Park. SILS is one of eight institutes of the University of Amsterdam's Faculty of Science (FNWI). With around 240 employees, SILS carries out internationally high-quality life science research and provides education within various university programs. Research is also carried out in close cooperation with the medical, biotech, chemical, flavor, food & agricultural, and high-tech industries, and revolves around 4 main themes, Cell & Systems biology, Neurosciences, Microbiology and Green Life Sciences.

The Green Life Sciences cluster focusses on understanding the functioning of plants from basic developmental aspects to complex physiological traits. Research is carried out in five research groups (Plant Cell Biology, Plant Physiology, Molecular Plant Pathology Plant Hormone Biology and Development & (Epi)Genetics) to study plant biology at the level of molecules, cells, organisms and the interactions between organisms and their environment.

The Faculty of Science has a student body of around 8,000, as well as 1,800 members of staff working in education, research or support services. Researchers and students at the Faculty of Science are fascinated by every aspect of how the world works, be it elementary particles, the birth of the universe or the functioning of the brain.

Want to know more about our organisation? Read more about working at the University of Amsterdam.

PhD-student to study transcription stress in neurons

Correct gene transcription by RNA polymerase II to transcribe new RNA molecules is crucial for proper cell function. However, transcription by RNA polymerases can be blocked by DNA damage, for example by UV-light or other chemicals. This transcription-blocking DNA damage can therefore cause cellular dysfunction and cell death, eventually resulting in DNA damage-induced aging and genome instability. Cells counteract these deleterious effects by transcription-coupled repair (TCR), which specifically removes DNA damage in our genes, thereby safeguarding transcription. Our lab has identified several important factors that provided novel insights in this repair pathway (van Sluis et al., Nature Cell Biology 2024; Ramadhin et al., Molecular Cell 2024; van Toorn et al., Molecular Cell, 2022; Geijer et al., Nature Cell Biology, 2021; Tresini et al. Nature, 2015; Schwertman et al. Nature Genetics, 2012).

In this project, we will investigate how mechanical stress affects transcription-coupled repair and transcription stress in differentiated human neurons. Neurons are long-lived, non-dividing cells that depend strongly on continuous and accurate transcription, but they are also exposed to changes in cellular and nuclear mechanics that may interfere with genome stability. Using iPSC-derived neurons, CRISPR-Cas9 gene editing and advanced live-cell imaging, we will investigate how mechanical stress influences transcription stress and transcription-coupled repair, and how defects in these pathways alter the mechanical properties and stress responses of neurons. This project will provide new mechanistic insight into the interplay between mechanical stress, transcription integrity and DNA repair, and may help explain why differentiated neurons are particularly vulnerable during aging and neurodegenerative disease.

Student-Assistent Communicatie Nederlands Tweelingen Register

Als student-assistent ga jij met het NTR social media en outreach team van het Nederlands Tweelingen Register (NTR) aan de slag met onze outreach, van social media tot events. Je krijgt de kans om wetenschap op een originele en toegankelijke manier onder de aandacht te brengen van deelnemers en het brede publiek.

In deze rol draait het om creativiteit, communicatie en impact. Jij:

• beheert samen ons team onze social media kanalen(o.a. Instagram, Facebook, TikTok en YouTube)
• vertaalt onderzoeksresultaten naar begrijpelijke, leuke en visueel aantrekkelijke content
• bedenkt en maakt creatieve content: van visuals en video's tot blogs en reels
• helpt bij events en campagnes om nieuwe deelnemers te trekken en bestaande deelnemers betrokken te houden
• komt zelf met ideeen en denkt actief mee over manieren om onze onderzoeken te delen

Hoofdredacteur-Directeur Folia

Kom werken bij Folia
Al meer dan 75 jaar is Folia het onafhankelijke journalistieke medium voor, over en door studenten, docenten, medewerkers en alumni van de UvA. Folia brengt digitaal, (af en toe) op papier, via video en podcast en via de sociale media onafhankelijk nieuws en achtergronden over de UvA en studeren in Amsterdam. Bij Folia is de functie van hoofdredacteur gecombineerd met die van directeur. Als hoofdredacteur ben je verantwoordelijk voor alle content die via de diverse Folia media platformen wordt verspreid. Als directeur ben je dus niet alleen bedreven in redactiewerk, maar houd je je ook bezig met bedrijfsvoering.

Dit ga je doen
Bij het onafhankelijke universiteitsmedium Folia is de functie van hoofdredacteur gecombineerd met die van directeur. Dit houdt in dat je als hoofdredacteur niet alleen bedreven bent in het redactiewerk, maar dat je je ook bezighoudt met bedrijfsvoering: je stelt begrotingen en meerjarenplannen op, je stelt prioriteiten in het kader van beschikbare middelen en bewaakt die, en je doet aan advertentieacquisitie. Daarnaast ben je verantwoordelijk voor zowel het personeelsbeleid alsook het opleiden van leerling-redacteuren (tekst, beeld, geluid) en het begeleiden van stagiaires.

Als hoofdredacteur ben je verantwoordelijk voor alle content die via de diverse Folia media platformen wordt verspreid. Als hoofdredacteur/directeur woon je de vergaderingen van het bestuur bij, adviseer je het bestuur, en onderhoud je tevens contact met de redactieadviesraad. Ook onderhoud je contact met bestuur en directeuren van de UvA. De jaarlijkse subsidiëring van de stichting door de UvA vindt plaats aan de hand van een redactioneel vijfjarenplan. Het huidige vijfjarenplan loopt eind 2027 af. De nieuwe hoofdredacteur-directeur zal in de komende periode een nieuw plan moeten opstellen, inclusief de ontwikkeling van een nieuwe website.

Dit breng je mee

• Je hebt een afgeronde universitaire studie;
• Je hebt ruime ervaring als (hoofd)redacteur in een journalistieke setting;
• Je hebt aantoonbare leidinggevende kwaliteiten en een ondernemersmentaliteit;
• Je hebt uitstekende contactuele en communicatieve eigenschappen

Bij voorkeur voldoe je ook aan de volgende eisen:

• Je hebt kennis van het hoger onderwijs en affiniteit met de cultuur en ambities van de UvA;
• Je hebt een uitgebreid netwerk in de journalistiek;
• Je hebt een goed ontwikkeld gevoel voor bestuurlijke verhoudingen en organisatiesensitiviteit;
• Je beschikt over kennis en ervaring met bedrijfsvoering: opstellen begrotingen, meerjarenplannen, personeelsbeleid, et cetera.

Dit bieden we
Een tijdelijk dienstverband van een jaar, met een proeftijd van 2 maanden. Bij een positieve beoordeling over het functioneren volgt een dienstverband voor onbepaalde tijd. De functie is ingeschaald in salarisschaal 12 of 13 van sectororganisatie Universiteiten van Nederland (UNL) en bedraagt afhankelijk van relevante werkervaring bij aanvang van het dienstverband, € 5.932 tot maximaal € 8.199 bruto per maand op basis van een volledige werktijd, exclusief 8 % vakantie- en 8,3 % eindejaarsuitkering. De Stichting Folia Civitatis volgt hierbij de cao UNL.

Folia
Al meer dan 75 jaar is Folia het onafhankelijke journalistieke medium voor, over en door studenten, docenten, medewerkers en alumni van de UvA. Folia brengt digitaal, (af en toe) op papier, via video en podcast en via de sociale media onafhankelijk nieuws en achtergronden over de UvA en studeren in Amsterdam.

De onafhankelijkheid van Folia wordt gewaarborgd door een onafhankelijke stichting (Stichting Folia Civitatis) die optreedt als werkgever en door een redactiestatuut. Het bestuur van de stichting bestaat uit twee hoogleraren van de UvA en een UvA-student. De Folia redactie bestaat uit een hoofdredacteur-directeur, een redactiecoördinator, redacteuren (schrijvend, video en podcast) en leerling-redacteuren en wordt verder bijgestaan door een redactieadviesraad. De redactieadviesraad bestaat uit drie leden: twee externe leden met expertise in de journalistiek en een student-lid.

De redactie van Folia is gevestigd op de Roeterseilandcampus in hartje Amsterdam.

Medewerker Processen en systemen/keyuser Remindo & Osiris

Als medewerker/ key user processen en systemen van het digitaal toetssysteem Remindo en studenten informatiesysteem Osiris ben je samen met je collega key users verantwoordelijk voor een efficiënte inrichting van deze applicaties. Daarnaast ben je de spil tussen het dagelijkse werk van de gebruikers van applicaties en de IT. Je kent Remindo en Osiris en hebt kennis van de processen binnen de faculteit en de centrale dienst. Je ondersteunt de diverse gebruikers van het systeem. Je bent altijd op zoek naar efficiëntie en verbetering. Je signaleert welke processen goed verlopen en vooral ook wat er beter kan. Je kunt deze punten vertalen naar de inrichting van de applicaties. Ook ben je je bewust van verschillende belangen die daarbij kunnen spelen. Je werkt binnen de afdeling SA&L met 5 andere key users in een team. In dit team heerst een gezamenlijk verantwoordelijkheidsgevoel. Daarnaast werk je nauw samen met de functioneel beheerders van de CES-afdeling Information Management.

De werkzaamheden bestaan onder andere uit:

• Samen met collega’s zorgdragen voor organisatie van digitale toetsen;
• Voorbereiden, analyseren, ontwerpen, beheren en evalueren van de processen in de digitale toetsomgeving Remindo en studenten informatiesysteem Osiris;
• Zorgen voor een optimale inrichting en werking van het digitaal toetsysteem Remindo en studenten informatiesysteem Osiris voor diverse processen;
• Het beantwoorden van vragen van docenten en ondersteuners bij het gebruik van Remindo en Osiris;
• Contactpersoon zijn bij problemen tussen de gebruikers en functioneel beheer;
• Je adviseert en informeert gebruikers over de mogelijkheden van de applicaties en begeleidt hen bij het gebruik ervan.
• Testen van nieuwe releases en systeemaanpassingen voor onderwijsontwikkelingen, samen met functioneel beheer;