Postdoc Position in AI Foundation Models for Crop Microbiomes

Plant-associated microbiomes can strongly influence crop growth, nutrition and resilience, but their behaviour depends on the crop, soil, environment and the surrounding microbial community. NOAH aims to make these context-dependent interactions learnable and predictable. At the centre of the project is ARCA (AI-guided Root microbiome engineering for ClimAte-resilient and nutritious crops), a crop microbiome foundation model trained on large-scale public and newly generated datasets.

As Postdoctoral Researcher in AI, you will take a leading technical role in developing ARCA. You will explore which model architectures and learning objectives work best for sparse, high-dimensional and heterogeneous microbiome data, and turn the selected approaches into robust trainable models. Your work will cover both foundation-model pretraining and downstream predictive and generative applications.

Your main responsibilities are to:

• design, implement and benchmark foundation-model architectures for microbiome data, including transformer-based and masked-autoencoder approaches and relevant architectures adapted from related biological domains;
• develop representations that integrate microbial identity and abundance with genomic or functional information and contextual metadata such as crop genotype, soil and environmental conditions;
• define and evaluate self-supervised learning objectives and embedding strategies, and benchmark their added value against simpler machine-learning baselines;
• train and evaluate ARCA on large-scale microbiome datasets, with attention to sparsity, batch effects, scalability, generalisation across studies and uncertainty in downstream predictions;
• fine-tune ARCA for tasks including microbial root competence and crop-relevant outcomes, and iteratively improve the model using experimental Design-Build-Test-Learn data generated by NOAH partners;
• develop a generative ARCA component, exploring autoencoder- and/or diffusion-based approaches for generating ecologically plausible microbiome configurations;
• apply interpretable and explainable AI approaches to identify microbial taxa, functions and contextual features driving model predictions;
• develop reproducible training and evaluation workflows and work with project partners to make models and associated tools usable beyond the immediate research setting.

You will not work on an isolated AI benchmark. ARCA predictions will be tested experimentally in greenhouse and field settings and the resulting microbiome and crop phenotype data will feed back into model development. This gives you the opportunity to develop new AI methodology while seeing how model predictions perform in a real biological and agricultural system.

In this position you will part of an interdisciplinary research environment spanning the AI Technology for Life and Plant-Microbe Interactions groups, with close interaction with bioinformatics, microbial ecology and experimental crop research at the UU and NOAH partners. You will have access to Utrecht University GPU/HPC infrastructure and large, curated microbiome and microbial genome datasets. Additionally, you will collaborate closely with NOAH partners at Aarhus University, Niab, INRAE and The Hyve, including experimental teams that will directly test model predictions.

Afdelingsmanager Culturele Antropologie

Als afdelingsmanager ben je het eerste aanspreekpunt voor de medewerkers van de afdeling Culturele Antropologie. Je vervult een centrale rol in de organisatie van financiële, personele, en facilitaire taken en in de processen rondom onderzoek en onderwijs. Je houdt overzicht, stelt prioriteiten en schakelt tussen verschillende onderwerpen en werkzaamheden. Daarbij heb je oog voor een prettige samenwerking binnen de afdeling.

Je werkt als afdelingsmanager nauw samen met de afdelingsvoorzitter en de directeuren van de bacheloropleiding, de twee masterprogramma’s en de onderzoeksgroep Sovereignty and Social Contestation om het afdelingsbeleid voor onderwijs en onderzoek te implementeren. Samen zorgen jullie ervoor dat dit beleid goed wordt uitgevoerd.

Je bent daarnaast eerste aanspreekpunt en adviseur voor alle medewerkers van de afdeling. Je maakt deel uit van het ondersteuningsteam Maatschappijwetenschappen en werkt samen met je collega’s in dit departement en in de Faculteit Sociale Wetenschappen. Je legt verantwoording af aan de departementsmanager van het departement Maatschappijwetenschappen.

Je

• bent verantwoordelijk voor de bedrijfsvoering op het gebied van personeel en financiën voor het onderzoek en onderwijs binnen de afdeling, waaronder het opstellen en bewaken van projectbegrotingen en de administratie rond het in dienst nemen van medewerkers;
• verzorgt zelf diverse administratieve taken op het gebied van HR, Finance en Facilitair;
• bent het eerste aanspreekpunt voor de medewerkers en vormt de schakel tussen de afdeling Culturele Antropologie en de ondersteunende diensten in de faculteit, waaronder Human Resources, Finance, het Research Support Office, Housing & Technology Services , Communicatie & Marketing en neemt deel aan overleggen met deze centrale afdelingen;
• maakt, beheert en bewaakt de afdelingsbegroting en projectbegrotingen;
• stelt samen met de onderwijsdirecteuren de jaarlijkse onderwijstaakstellingen van docenten op en past deze aan gedurende het jaar aan wanneer dat nodig is;
• geeft functioneel leiding aan het ondersteuningsteam van de afdeling.

je kijk ook verder dan je eigen afdeling en draagt actief bij aan facultaire projecten.

Subsidieadviseur

Als subsidieadviseur ondersteun je onderzoekers van onze faculteit, vooral bij de praktische en uitvoerende kant van onderzoeksfinanciering. Je draagt daarmee direct bij aan de missie van ons team: onderzoekers en departementen verbinden met passende financieringsmogelijkheden. Als betrokken partner werk je samen om de kans op succesvolle aanvragen te vergroten. Je bent voor onze onderzoekers het eerste aanspreekpunt voor projectvoorstellen en contractonderzoek met externe financiering. Je begeleidt hen door de verschillende fasen van het aanvraagproces, en loodst hen door de bijbehorende interne en externe procedures

Je helpt onze onderzoekers bij het opstellen van een adequate projectbegroting en controleert daarbij of deze past bij de voorwaarden van de financier én bij wat de onderzoeker voor ogen heeft. Zo ondersteun je onderzoekers bij aanvragen van subsidies en bij het opstellen van offertes voor contractonderzoek.

Je zult, samen met een collega subsidieadviseur, met name het departement Sustainable Development (SD) ondersteunen. Gezien we ook als team nauw samenwerken kun je ook aan andere departementen binnen de faculteit ondersteuning leveren. Het departement SD onderzoekt en ontwikkelt processen en mogelijkheden voor innovatieve duurzame ontwikkeling, om zo een positieve impact te hebben op de overgang naar een duurzame samenleving.

Als subsidieadviseur zul je (pro)actief aan de ondersteuning bijdragen door:

1. wetenschappers van het departement te informeren over relevante subsidiemogelijkheden en actuele deadlines, zodat kansen niet worden gemist;
2. het onderhouden van laagdrempelige, interactieve relaties met de wetenschappers in het departement en met het RSO-netwerk van de Universiteit Utrecht, zodat je als eerste aanspreekpunt fungeert voor vragen over financiering;
3. het ondersteunen bij aanvragen voor persoonlijke beurzen, contractonderzoek en consortiumaanvragen (niet-penvoerderschap), dit is inclusief het opstellen en controleren van de (bijbehorende) projectbegrotingen, voor subsidieaanvragen en offertes, in lijn met de eisen van de financier en de faculteit
4. het lezen van call teksten en het signaleren van risico's daarin, en het adviseren over interne en externe procedures, richtlijnen en subsidievoorwaarden.

Je werkt daarbij niet alleen: je bouwt actief relaties op met onderzoekers en departementen, en werkt binnen de universiteit samen met andere RSO’s en ondersteunende diensten zoals Finance & Control, Legal, HR, Data Stewards en Communicatie, en met het projectmanagementteam.

Postdoc: Subsurface Freshwater Storage and Groundwater Modelling

As a postdoctoral researcher in the NWO KIC project STURDI-Water (Storage, Upgrade, Reuse and Distribution of Water in regional collaborative networks), you lead research aimed at identifying the key success factors for subsurface water storage systems. Your main case-study area are the islands of Zeeland and Zeeuws-Vlaanderen, with connections to monitoring and pilot sites. You will work at the interface of hydrogeology, variable-density groundwater flow and fresh-salt transport modelling, field evidence and applied spatial decision support.

You will improve and apply an existing calibrated, high-resolution groundwater model that represents the region’s complex palaeogeographical development and depositional environments. Using this model, you will investigate infiltration and extratraction schemes, interactions between surface water and groundwater, drainage, climate variability and uncertainty in local hydrogeology. The central output will be spatial potentiality maps that shows where subsurface freshwater storage is promising and which factors determine feasibility and performance.

What will you do?

• Improve, document and apply a regional groundwater model for variable-density flow groundwaterflow and coupled salinity simulations.
• Analyse controls on subsurface water storage, including geological and hydrogeological conditions, hydraulic parameters, drainage efficiency, surface water – groundwater interaction, climate variability and operational design.
• Design reproducible scenario and sensitivity analyses to quantify model uncertainty and identify the parameters that most strongly affect storage performance.
• Assess sustainable infiltration and abstraction strategies over time, including risks of salinisation, freshwater loss and local drought impacts.
• Develop detailed potentiality maps for subsurface water storage, supported by uncertainty information and clear guidance for interpretation.
• Integrate available geological, hydrogeological and monitoring data from studied pilots in Zeeland.
• Collaborate with researchers and practice partners across the STURDI-Water consortium and translate model results into information usable in the project’s broader decision-support work.
• Publish the scientific results in a peer-reviewed journal, present them at conferences and project meetings in line with project agreements.

Managementassistent Universiteitsbibliotheek

• Je plant afspraken en vergaderingen in voor leden van het managementteam (bestaande uit acht afdelingshoofden en twee directieleden);
• Je beheert de agenda van een van de directieleden. Daarbij denk je proactief mee en zorg je voor evenwicht in de agenda's, waarbij je rekening houdt met de agenda's van de afdelingshoofden en bestaande overleggen, zodat planningsconflicten zoveel mogelijk worden voorkomen. Waarbij je rekening houdend met de agenda's van de afdelingshoofden en bestaande overleggen planningsconflicten voorkomt;
• Je notuleert vergaderingen van de dienstraad en incidenteel van andere overleggen;
• Je ondersteunt werving- en selectieprocedures en bereidt de start van nieuwe collega’s voor;
• Je organiseert evenementen en bijeenkomsten; bijvoorbeeld door het klaarmaken van de ruimtes, klaarzetten van presentaties, regelen van catering en de gastvrije ontvangst van bezoekers;
• Je bewaakt de kwaliteit en voortgang in processen en procedures binnen het secretariaat, je lost eventuele problemen op en voert verbeteringen door.