Scientific Programmer (Bioinformatics Software Developer)

The research group of Danielle Posthuma within the Complex Traits Genetics laboratory at the Centre of Neurogenomics and Cognitive Research (CNCR) of Vrije Universiteit Amsterdam is looking for a Scientific Programmer to contribute to the continued development and maintenance of widely used genetic web-tool called FUMA (Functional Mapping and Annotation of GWAS).

FUMA is a heavily used web platform that enables researchers worldwide to perform functional interpretation and downstream analysis of genome-wide association study (GWAS) results. Thousands of researchers use FUMA every year to analyze genetic data through an interactive web interface supported by a robust computational backend. The webtool is built on Laravel, the tool utilizes PHP, JavaScript, Python, and R.

You will play a key role in the technical development and maintenance of FUMA, with possible involvement in the scientific development as well (i.e. suggesting novel additions).

Your responsibilities include:

• Develop and implement existing and new analysis modules and visualizations within FUMA, including integration of statistical pipelines developed by the Complex Traits Genetics group
• Integrate large-scale biological reference datasets for use within FUMA. These resources including molecular QTLs, chromatin interaction, functional annotation, and single-cell transcriptomic resources from the latest scientific literature
• Maintain and improve the production infrastructure, including software dependencies, databases, Linux servers, job scheduling, storage management, and automated data update pipelines
• Optimize performance, scalability, and reliability of the web platform and backend analysis pipelines
• Be responsible for maintaining reproducible workflows for preprocessing, harmonizing, and updating biological datasets
• Resolve software bugs, improve code quality, and modernize components of the codebase when needed
• Provide user support by troubleshooting analyses and answering technical questions from researchers worldwide
• Collaborate closely with computational biologists and statistical geneticists within the department to translate new research methods into user-friendly software

Postdoc VU Sociology: De-Escalating Aggressive Encounters

Your project will be supervised by prof. Marie Rosenkrantz Lindegaard at the Department of Sociology. It is one of twelve work packages in the ORC-NWA consortium project “De-escalating Aggressive Encounters between Frontline Workers and Citizens.” The aim is to understand the mechanisms that drive escalation and de-escalation of aggressive encounters between frontline workers and citizens. The project involves academic and societal partners working together. We are looking for a postdoc that will carry out the work of a sub-project focusing on the micro-level environment in which conflict encounters occur, identifying situational hotspots across work routines in different worker contexts.

The postdoc will work closely together with four other PhD’s that will analyze video recorded encounters between citizens and frontline workers in law enforcement, public transport, service work, and health care.

We are seeking a candidate who is interested in learning or already has experience with video analysis and ethnographic fieldwork, has an affiliation with observational and statistical methods, and is passionate about working in an interdisciplinary team.

Your duties

• Stay in close contact with societal partners and exchange experiences and insights with the project communication officer (preferably in Dutch).
• Support four PhD’s in data collection and collaboration with societal partners.
• Develop a video observational measurement instrument together with the PhD’s.
• Carry out statistical analyses of situational characteristics of escalatory and de-escalatory incidences.
• Pool data with the rest of the team to work on shared research output.
• Carry out participant observations and walk-along-interviews with frontline workers.
• Publish in academic journals and translate findings into fact sheets for practitioners.
• Present results at academic conferences and workshops, to societal partners and in practitioner-oriented settings.
• Participate in and co-organize data sessions, joint research projects, workshops as well as communication and dissemination activities of the team.
• Carry out administrative tasks for the project.
• Join and actively contribute to the De-Escalation lab and the Social Change and Conflict group at the VU and participate in the intellectual life of the Department of Sociology.

Dierverzorger

Als dierverzorger zorg je voor het welzijn en de verzorging van de proefdieren. En samen met je collega’s zorg je voor een veilige en schone werkomgeving. Je komt te werken op een splinternieuwe locatie die voldoet aan de nieuwste wensen en eisen rondom het huisvesten van proefdieren. Je werkt in een veilige werkomgeving die volledig is ingericht op het reduceren van blootstelling aan allergenen en het verbeteren van ergonomisch werken, conform de laatste eisen aan dierhuisvesting. Dit is terug te zien in werken onder laminaire flow, een semi-geautomatiseerde wasstraat en gedeeltelijke dierhuisvesting in DVC.

Jouw verantwoordelijkheden

• Huisvesten en verzorgen van de proefdieren
• Reinigen en desinfecteren van de dierenverblijven en materialen
• Informatie over de dieren noteren in het digitaal diermanagementsysteem (Tick@lab)
• Het lezen, begrijpen en werken volgens SOP’s en/of werkprotocollen
• Weekenddiensten draaien (eens in de zoveel weken)

Biotechnicus

Als biotechnicus ben je verantwoordelijk voor het huisvesten, verzorgen en fokken van proefdieren. Je ondersteunt onderzoekers in de OK en bij biotechnische handelingen. Daarnaast ben je de schakel tussen de proefdieren en wetenschappelijke onderzoekers. Je komt te werken op een splinternieuwe locatie die voldoet aan de nieuwste wensen en eisen rondom het huisvesten en het welzijn van proefdieren. Je werkt in een veilige werkomgeving die volledig is ingericht op het reduceren van blootstelling aan allergenen en het verbeteren van ergonomisch werken, conform de laatste eisen aan dierhuisvesting. Dit is terug te zien in werken onder laminaire flow, een semi-geautomatiseerde wasstraat en gedeeltelijke dierhuisvesting in DVC.

Jouw verantwoordelijkheden

• huisvesten, verzorgen en fokken van de proefdieren
• informatie over de dieren noteren in het digitaal diermanagementsysteem (Tick@lab)
• het lezen, begrijpen en werken volgens SOP’s en/of werkprotocollen
• ondersteunen van onderzoekers in de OK en bij biotechnische handelingen
• weekenddiensten draaien (eens in de zoveel weken)

Bedrijfstechnicus

Voor de afdeling Vastgoedbeheer, team Dagelijks beheer Storingsafhandeling & Calamiteitenbeheersing zijn wij op zoek naar een bedrijfstechnicus. Het team is verantwoordelijk voor storingen, beheer en onderhoud aan de gebouwen en gebouw gebonden installaties van de VU. Het team speelt een belangrijke rol bij calamiteiten, de 1e lijn storingsafhandeling, bedrijfshulpverlening en functioneel testen bij oplevering van projecten. Daarnaast levert zij onderhoudsmonteurs voor elektra, sanitair, timmerwerk etc.

De afdeling Vastgoedbeheer (VGB) zorgt voor het goed en duurzaam onderhouden en
veilig gebruik van het vastgoed. Naast onderhoudstaken consulteert VGB in diverse
bouwprojecten en heeft ook een belangrijke rol bij het functioneel opleveren en in
gebruik nemen van ruimtes en gebieden.

Jouw taken

• het analytisch opsporen van storingen en zorgen voor een correcte afhandeling:
  het verzorgen van terugkoppeling naar de klant die de storing meldde en het
  maken van afspraken voor technische werkzaamheden
• het uitvoeren of laten uitvoeren van onderhoud en reparaties aan uiteenlopende
  installaties
• het begeleiden van de uitvoering van werkzaamheden door buitenfirma's
  het bedienen van het gebouwbeheersysteem (GBS), gebouwinstallaties en het
  uitvoeren van schakelwerkzaamheden
• doen van voorstellen voor verbetering van (het functioneren of energieverbruik
  van) installaties
• vanwege je expertise bent je lid van onze Bedrijfshulpverlening